Prof. Cristiano De Pittà

Argomenti del programma: GENOMICA (18 ore, 2.25 CFU): - Definizione di Genomica. A che cosa serve sequenziare un genoma? - Le librerie di DNA genomico: digestione parziale, ridondanza dell’informazione, relazione tra frequenza e probabilità, i vettori di clonaggio ad alta capacità (Cosmidi, YAC, BAC). Il titolo di una libreria e l’analisi dei cloni ricombinanti. - Mappatura FISICA di un genoma.

• Non sono adottati testi di riferimento (ma l'eventuale lettura di libri e articoli non è scoraggiata).

Argomenti del programma: L’insegnamento fornisce le basi teoriche e applicative delle principali discipline omiche e degli strumenti bioinformatici utilizzati per l’analisi e l’interpretazione dei dati biologici su larga scala. Verranno introdotti i concetti fondamentali di genomica, trascrittomica e proteomica, con particolare attenzione alle strategie di sequenziamento dei genomi, alle tecnologie di Next Generation Sequencing (NGS),…

Argomenti del programma: BIOLOGIA MOLECOLARE (48h, 6 CFU) - CENNI STORICI SULLA NASCITA DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE (2h) - STRUTTURA DEL DNA (5h) Le strutture del DNA (richiami); conformazioni locali alternative, strutture non appaiate, curvatura; topologia del DNA e DNA. topoisomerasi.

• Non sono adottati testi di riferimento (ma l'eventuale lettura di libri e articoli non è scoraggiata) perché, come riportato nella sezione "Eventuali indicazioni sui materiali di studio", il docente mette a disposizione degli studenti –…

Argomenti del programma: Argomenti delle lezioni in aula: Conoscenza ed uso avanzati dei metodi di allineamento di sequenze di DNA e proteine per allineamento globale e locale. Sistemi di punteggio. Matrici "dot plot", PAM e BLOSUM. BLAST: basi algoritmiche, applicazioni base e speciali. Tuning per modifica dei settings e reiterazione. Filtri e opzioni di output. L'allineamento multiplo per la definizione di consensus.